アイシクルロッジへ再び向かった主人公は、神羅兵とセバスチャン、エッサイの二人のソルジャーと共に敵陣へ向かうべく準備を整えていた。もう一人のソルジャーの姿を探すと、ジープの中から豪快ないびきが・・・。　セバスチャンに起こされてジープの中から出てきたソルジャーは陽気な返事をしながら主人公の前に現れた・・・。

つららの避け方：
・ その1：4本あるつららの中央を中とすると、避ける順番は中→右→中→中→右でつららが落ちきり通路が開ける。
・その2：まずなるべく画面手前による位置で氷柱を落とす。そのままそこで二回目落ちるのをやりすごす。そのあとすぐ右にささった氷柱まで後退し三回目やりすごす。次、左右の氷柱の真ん中辺り画面奥、壁にへばりつく感じ(すこし窪んだような形の所)で四回目、五回目やり過ごすと刺さった氷柱が消えるのでダッシュ

指揮権を失ったヴェルドに変わり、タースクの指揮を執ったのはハイデッカーだった。ジュノンに現れたアバランチを倒すべくジュノンに派遣された、ツォン・レノ・ルード・主人公は、ジュノンに終結したアバランチ兵の多さに苦戦。指揮官のハイデッカーは具体的な指示も出さず軍を出すタイミングだけを考えていた。　次第に追い込まれるタークス、その様子を監視カメラで見ていたヴェルドは・・・。

第二収容所が追加。
救出任務に失敗した場合にはこちらに収容される。
第一収容所はメニューから自力脱出が選択出来るようになった、
ただし、脱走に失敗した場合は第二へ収容される。
第二収容所へ救出に向かう人はケアル系マテリア装備+ハイエーテル等回復系必須。

第二収容所：
・ 建物構造は3パターン：
　1・下から：ブリザラ使い×3の部屋有、要注意。（この部屋は鍵を使用して迂回可能）※1
　2・右から：針のむしろ。3つ穴のうち針が出るのは2つだけ。慎重に進めば避けられる。
　3・左から：緑の障害物がある通路。難しくはないかも

・各パターンともアバランチの中に「ブリザラ」使いがいる。要注意

※1　食堂を抜け、その先の広間にいるアバランチ×4を倒して「鍵」を手に入れたら青い部屋に入る手前の右側で使用可、回り道できる。（ブリザラ使いと会わずに済む）「鍵」は3パターン中のパターン1でしか手に入らない。

※牢屋右下の赤い扉は自力脱出の時に使用する扉で、救出に向かった時は開かない。

突如、神羅ビルに現れたモンスター。次々と神羅兵に襲い掛かるモンスターは数多く、神羅カンパニーをあっという間に混乱に陥れた。　モンスターは宝条博士の研究施設から逃げ出したらしいが・・・。ヴェルドの指示に従い、内部で処理をするよう指示された、主人公らはビルの65階から調査に当たった・・・。


・神羅ビル67階は部屋の中が見えないところ（右上）にボムがいる。上の扉を開けて倒そう。
・ヘリはケアル系でダメージを与えられる。

その日の仕事を終えて神羅本部に戻った主人公は、皆が帰った後だと知り、街中へ繰り出すが歩いているうちにみたこともない場所へ迷いこんだ。そこはミッドガルには珍しく、光がさし花が一面に咲いている場所だった。そばの家から突然飛び出した少女は、何かあわてた様子でどこかへ立ち去るが、アバランチに狙われ主人公の前に再び姿を現した・・・。

ニブルヘイムの研究員と連絡が取れなくなり、原因を調査すべくニブル山へ向かった主人公。別の場所ではニブル山に迷い込んだネコを追いかけてウエスタン調の服を着た少女が山の中へ入っていく・・・。

・橋渡る時のズーは、ズーが上の方にいる時に走り抜けるとズーとの戦闘を回避できる。

魔晄炉で傷ついたザックスとクラウドを敵から庇い、本部の支持を待つ主人公。一方ヴェルドと連絡の取れないツォンはあせりを隠せない。魔晄炉についたツォンと宝条博士。博士はザックスとクラウドに興味を示し、ニブルヘイムの屋敷へ運ぶよう指示する・・・。

アバランチの本拠地があるとされるウータイへ向かった主人公。本拠地壊滅作戦を遂行しようとするが、ウータイにある五重塔からアバランチに追われる威勢の良い少女に出会う。

ロケット基地でロケット打ち上げのセレモニーの為の航空ショーの演習を見ていた主人公、そこへルーファウスが現れ、ロケット打ち上げは無駄だと言い放つ。そこへ航空ショーの演習を終えたパイロット、シドが飛行機から降りてきた。

神羅に対し壊滅したと見せかけて、アバランチ等はコレルの魔晄炉に新たに基地を作っていた。その情報を入手したタークス達、主人公はアバランチに占拠された魔晄炉を奪還すべくコレルに向かう。その頃、コレルの炭鉱で大柄な男が魔晄炉に期待を寄せて働いていた・・・。

魔晄炉底部に落ちて目覚めた主人公。ツォンに連絡を取ろうとするが、シアーズが現れる。戦いを仕掛けてくるも、シアーズにはいつもの強さが無かった。そこへモンスターが現れ、互いにモンスターを優先して倒すことで一致する。